VBLセミナー・講習会 (2005年度)

Introductry comments

Prof. T. Yamane

“HIGH THROUGH-PUT CRYSTALLOGRAPHIC TOOLS IN STRUCTURAL GENOMICS : a.Iterative ACORN , b.SAS” （構造ゲノミックスにおける迅速結晶構造解析の手段）

Prof. Devadasan Velmurugan (VBL招聘研究者, University of Madras, India)

Abstract

As there are lacks of amino-acid sequences available for which three dimensional structures are not known, Structural Genomics eventually requires high throughput crystallographic tools to arrive at these structures in short time. The presentation will cover two such tools using which structures could be solved in about two to four hours with just a Pentium IV PC. Iterative ACORN can bring out successful results even if the first run fails in building a model using ARP/wARP. With Single-wavelength Anomalous Scattering (SAS) data, the position of even a single anomalous
a.Iterative ACORN , b.SAS” by Prof. D. velmurugan
scatterer is sufficient enough for phasing. Use of SHELXD/SHELXE/ARP/wARP/REFMAC and SHELXD/OASIS/ARP/wARP/REFMAC combinations will be detailed in two test cases.

概要

3次元構造が未知で利用できるアミノ酸配列情報がない場合、構造ゲノミックスでは短時間で構造を得るための迅速結晶構造解析の手段が必要である。この講演では、pentium IV PCで2−4時間で構造をとくことが可能なそういう手段を紹介する。もし最初にAER/wARPでモデル作成に失敗したとしても、ACORNの繰り返しにより有望な結果が得られる。単波長異常分散(SAS)データにより、1個の異常散乱因子の位置からでも位相計算には十分である。構造解析ソフトウエアSHELXD/SHELXE/ARP/wARP/REFMACの利用とSHELXD/OASIS/ARP/wARP/REFMACの組み合わせによる解析の例を2件紹介する。

“VISUALIZATION OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES” （生体巨大分子（タンパク質）の可視化）

Dr. Kanagaraj Sekar (VBL招聘研究者, Indian Institute of Science, INDIA)

Abstract

A general problem in visualizing the three-dimensional structure of the protein molecule is to investigate the relationship of amino-acid seqeunce with the strucutral information and its functional specifities. The first step of a complete structure prediction schema starts from the amino-acid and then proceeds to its structure, fold and finally structure dependent function. Analysis of three-dimensional structure of protein molecules is greatly enhanced by understanding the relationship between the individual protein molecules. Furthermore, knowledge of the three-dimensional structural relationship between different protein molecules is a key issue in understanding the structure and function. The details related to various issues of visualization will be discussed.

概要

タンパク質分子の3次元構造の可視化における問題は、アミノ酸配列と構造情報ならびにその機能の特異性との相関を調査することである。全体構造の予測の第1段階はアミノ酸から始まり、それからその構造、折りたたみ、最終的に構造に依存した機能に進む。タンパク質分子の3次元構造の解析は、個々のタンパク質分子間の相関を理解することにより、多いに促進される。さらに、異なるタンパク質分子間の3次元構造の相関を知ることには、構造と機能の理解の鍵となる。可視化の様々な課題を紹介する。

"About principal differences between pressure-driven and voltage-driven separation systems"

Prof. Bezhan Chankvetadze (VBL招聘研究員、Tbilisi State University, Republic of Georgia 教授)

「ヨーク構造生物学研究所派遣報告」

鈴木淳巨助教授 （工学研究科化学・生物工学専攻）

概要

文部科学省海外研究動向調査の一環として、英国・ヨーク大学にあるヨーク構造生物学研究所(YSBL)に、平成16年の9月から半年間、VBLより行かせて頂きました。YSBLで行った単一波長異常分散法（SAD法）を使ったタンパク質の結晶構造解析に関する研究と、YSBLの様子や英国で参加したミーティングの様子について報告させて頂きます。